W 1919 r., za zezwoleniem księcia metropolity, pierwsze Msze Św. ksiądz Karabuła odprawiał w salonie i na werandzie dworku państwa Ziobrowskich przy ul. Zawiłej 2. Były one odprawiane tylko w niedzielę. Rok później księdza Karabułę przeniesiono na inną placówkę, a nowym katechetą zastał ksiądz Adam Gałuszkiewicz. On to, za zezwoleniem księcia metropolity i przy wsparciu mieszkańców Borku Fałęckiego kupił opustoszały barak i postawił na miejscu dzisiejszego ogrodu plebańskiego. A działo się to w tatach 1920-1922. Po koniecznych przeróbkach i wzniesieniu ołtarza ksiądz Gałuszkiewicz odprawiał w nim Msze św. Najpierw tylko w niedzielę, ponieważ dojeżdżał tu z Krakowa.

W 1924 r. do Borku powrócił ksiądz Karabuła i natychmiast podjął starania o to, aby powstała samodzielna parafia. Zaczął od tego, że urządził, odmalował i wyposażył istniejący kościółek i codziennie odprawiał w nim Msze. św. a czasem także inne nabożeństwa. Udało się też księdzu Karabule uzyskać od Zarządu Gminy Borek Fałęcki teren pod cmentarz parafialny.
Wreszcie, przy pomocy wiernych, zbudował nową plebanię. Kiedy zostały już podłożone podwaliny pod samodzielną parafię, książę metropolita krakowski Adam Stefan Sapieha dekretem z dnia 23.03.1925 r. erygował w Borku Fałęckim nową parafię. Na patronów kościoła i parafii wybrano Najświętsze Serce Pana Jezusa oraz św. Stanisława Biskupa Męczennika jako patrona drugorzędnego. Do parafii włączono Borek Fałęcki i Jugowice, a pierwszym proboszczem parafii został ksiądz Karabuła.

Ksiądz Karabuła nie poprzestał na tym. Myślał o budowie w Borku murowanego kościoła. Jego zamiary przerwało przeniesienie go w 1931 r. na stanowisko proboszcza w innej parafii. Budowa kościoła według planów księdza Karabuły została zaniechana. Mały drewniany` kościółek służył nadal parafii do 1947 r.

W 1931 r. proboszczem został ks. Adolf Zagrodzki. Od samego początku czynił starania o budowę nowego, okazałego kościoła w nowym miejscu. Projekt nowego kościoła wykonał architekt wykształcony w Liege w Belgii, inż. Tadeusz Ruthie. Jak na czasy przedwojenne był to projekt bardzo nowoczesny i awangardowy. Konstrukcja i strop kościoła miał być z żelbetonowych filarów, a ściany między filarami miała wypełniać cegła. Książę metropolita zatwierdził ten projekt. Przyjął go także Urząd Architektury Miasta Krakowa.

Kamień węgielny pod nowy kościół został położony w 1937 r. Duże ofiary pieniężne na budowę nowego kościoła złożyli pracownicy Borkowskiej Fabryki Sody Solvay. To głównie dzięki ich pomocy udało się wybudować kościół w stanie surowym w ciągu dwóch lat. Niestety w 1939 r. wojna przerwała prace przy budowie kościoła. W 1946 r. proboszczem parafii został mianowany ks. Władysław Ryba. Przy pomocy Komitetu Parafialnego przystąpił do dalszych prac przy wykończeniu i urządzeniu wnętrza kościoła. Prace te udało się zakończyć w 1947 r., a za patronkę kościoła obrano Najświętszą Marię Pannę. Książę metropolita Adam Sapieha wyraził na to zgodę i podarował parafii dużą, piękną figurę Matki Bożej, którą otrzymał przed wojną od krakowskiego rzeźbiarza Konstantego Laszczki. Parafianie wraz z proboszczem zdecydowali, że figura stanie w ołtarzu głównym. Nadano jej tytuł Matki Bożej Zwycięskiej i postanowiono, że będzie ona główną patronką kościoła.

Wnętrze kościoła (za kadencji ks. proboszcza Józefa Kołodziejczyka) projektował profesor Jan Budziłło, a uroczystej konsekracji kościoła dokonał 26.10.1975 r. J. E. Ks. Kardynał Karol Wojtyła. Poświęcenia ołtarza, tabernakulum i odnowionej figury Matki Bożej dokonał w wigilię Bożego Narodzenia 1978 r. ks. biskup Jan Pietraszko. W 1980 r. kościół uzyskał trzy nowe dzwony, w 1984 r. wybudowano nowy dom parafialny, a w latach 1988-92 wybudowano nową plebanię i dom zakonny.
W 1996 r. proboszczem parafii został ks. Grzegorz Szewczyk.
Na złoty jubileusz pierwszego poświęcenia kościoła dokonał on ocieplenia i pięknego odnowienia zewnętrznej fasady kościoła.
12 czerwca 2001 r. metropolita krakowski kard. Franciszek Macharski, mając na uwadze dobro duchowe wiernych, erygował nową parafię pw. Świętej Jadwigi Królowej na osiedlu Kliny. Nowa parafia, obejmująca mieszkańców z ponad 40 ulic i osiedla Pod Fortem, włączona została do dekanatu Podgórze, zaś 1.07.2001 r. na stanowisko proboszcza został mianowany ks. Wacław Gubała.

Nie minęły dwa miesiące od uroczystej inauguracji duszpasterstwa w kościele św. Jadwigi Królowej (28.10.2001) a po dwóch latach budowy ks. kard. Franciszek Macharski dokonał poświęcenia nowej kaplicy wybudowanej w dolnej części parafii. Kaplica była odpowiedzią na potrzebę starszych parafian, dla których dojście do kościoła na Górkę Borkowską było trudnością. Patronką kaplicy została św. Teresa od Dzieciątka Jezus, dziewica i doktor kościoła. Frekwencja zwłaszcza osób starszych świadczy o potrzebie budowy kaplicy.

Obecnie parafia p.w. Matki Bożej Zwycięskiej w Borku Fałęckim liczy około 8000 parafian i jest bardzo rozległa terytorialnie. Jest to parafia podmiejska o środowisku socjologicznie, kulturalnie i religijnie bardzo zróżnicowanym. Kościół parafialny pod względem duszpasterskim znajduje się w dość niekorzystnym miejscu. Większa część parafii leży w dolinie od strony centrum Krakowa. Inną część zamieszkują mieszkańcy dawnych Jugowic a także ci mieszkający wzdłuż ulicy Zakopiańskiej i ulicach do niej przyległych. Do obszaru parafii należą również mieszkańcy terytorialnie należący do os. Kliny Borkowskie gdzie jest już osobna parafia ale z uwagi na bliskość kościoła w Borku Fałęckim należący formalnie do parafii Matki Bożej Zwycięskiej. Z doświadczeń, które opisują księża po wizycie duszpasterskiej wynika, że wiele osób uczęszcza do różnych kościołów krakowskich – powoduje to, że w małym stopniu są oni związani z parafią, na terenie, której zamieszkują. Trzeba jednak zaznaczyć, że jest wielu wiernych, którzy czynnie uczestniczą w życiu parafialnym. Istnieje wiele grup parafialnych, rodzi się wiele inicjatyw. W ostatnich latach poprawiły się również warunki duszpasterzowania i ewangelizacji – odrestaurowana została sala teatralna, która jak na parafię posiada bardzo wysoką klasę. W przylegającym do kościła Domu Katechetycznym powstała sala multimedialna, położona została również kostka pod nowy parking.

Od lipca 2010 roku proboszczem jest ks. Marian Chyrc. Wspaniałe warunki i piękne miejsce do modlitwy, a do tego życzliwi i oddani kapłani i siostry - to wszystko sprawia, że kościół przy ul. Zakopiańskiej jest „żywy”.